PyFeat-2.x/pam250.py at master · RafsanjaniHub/PyFeat-2.x · GitHub

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CRED = '\033[91m'
CEND = '\033[0m'

import utils
import numpy as np
import save

def generate(X, seqType, args):
    '''
    # Reference-1: http://rosalind.info/glossary/pam250/
    # Reference-2: http://profs.scienze.univr.it/~liptak/ALBioinfo/2011_2012/files/pam1.pdf (M.O. Dayhoff et al.)
    :param X:
    :param seqType:
    :param args:
    :return:
    '''

    if seqType == 'PROT':
        d = {
            'A': [ 2, -2,  0,  0, -3,  1, -1, -1, -1, -2, -1,  0,  1,  0, -2,  1,  1,  0, -6, -3],
            'C': [-2, 12, -5, -5, -4, -3, -3, -2, -5, -6, -5, -4, -3, -5, -4,  0, -2, -2, -8,  0],
            'D': [ 0, -5,  4,  3, -6,  1,  1, -2,  0, -4, -3,  2, -1,  2, -1,  0,  0, -2, -7, -4],
            'E': [ 0, -5,  3,  4, -5,  0,  1, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2, -1,  0,  0, -2, -7, -4],
            'F': [-3, -4, -6, -5,  9, -5, -2,  1, -5,  2,  0, -3, -5, -5, -4, -3, -3, -1,  0,  7],
            'G': [ 1, -3,  1,  0, -5,  5, -2, -3, -2, -4, -3,  0,  0, -1, -3,  1,  0, -1, -7, -5],
            'H': [-1, -3,  1,  1, -2, -2,  6, -2,  0, -2, -2,  2,  0,  3,  2, -1, -1, -2, -3,  0],
            'I': [-1, -2, -2, -2,  1, -3, -2,  5, -2,  2,  2, -2, -2, -2, -2, -1,  0,  4, -5, -1],
            'K': [-1, -5,  0,  0, -5, -2,  0, -2,  5, -3,  0,  1, -1,  1,  3,  0,  0, -2, -3, -4],
            'L': [-2, -6, -4, -3,  2, -4, -2,  2, -3,  6,  4, -3, -3, -2, -3, -3, -2,  2, -2, -1],
            'M': [-1, -5, -3, -2,  0, -3, -2,  2,  0,  4,  6, -2, -2, -1,  0, -2, -1,  2, -4, -2],
            'N': [ 0, -4,  2,  1, -3,  0,  2, -2,  1, -3, -2,  2,  0,  1,  0,  1,  0, -2, -4, -2],
            'P': [ 1, -3, -1, -1, -5,  0,  0, -2, -1, -3, -2,  0,  6,  0,  0,  1,  0, -1, -6, -5],
            'Q': [ 0, -5,  2,  2, -5, -1,  3, -2,  1, -2, -1,  1,  0,  4,  1, -1, -1, -2, -5, -4],
            'R': [-2, -4, -1, -1, -4, -3,  2, -2,  3, -3,  0,  0,  0,  1,  6,  0, -1, -2,  2, -4],
            'S': [ 1,  0,  0,  0, -3,  1, -1, -1,  0, -3, -2,  1,  1, -1,  0,  2,  1, -1, -2, -3],
            'T': [ 1, -2,  0,  0, -3,  0, -1,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1, -1,  1,  3,  0, -5, -3],
            'V': [ 0, -2, -2, -2, -1, -1, -2,  4, -2,  2,  2, -2, -1, -2, -2, -1,  0,  4, -6, -2],
            'W': [-6, -8, -7, -7,  0, -7, -3, -5, -3, -2, -4, -4, -6, -5,  2, -2, -5, -6, 17,  0],
            'Y': [-3,  0, -4, -4,  7, -5,  0, -1, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2,  0, 10],
            'p': [ 0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0, 0],
        }
    else:
        if seqType == 'DNA' or seqType == 'RNA':
            print(CRED + 'Error: The \'PAM250\' feature is NOT applicable for DNA/RNA.' + CEND)
            return None
        else:
            return None
    #end-if
    X = utils.processMono(X, d, args)
    # print(X.shape)

    totalFeature = 0
    if seqType == 'DNA' or seqType == 'RNA':
        None
    else:
        if seqType == 'PROT':
            totalFeature = 20
        else:
            None
    # end-if

    save.datasetSave(X, totalFeature, 'pam250')
#end-def