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intermediates_search_for_polmers

这是一个以 Matlantis / ASE 相关测试脚本 为主的实验仓库，主要用于分子动力学（MD）、NEB、表面吸附、结构优化以及参数搜索等方向的快速验证。

仓库中的内容以 Python 脚本 为主，同时包含一些 Jupyter Notebook。其中一部分脚本是手工编写和迭代的实验代码，另一部分则是在实际研究和测试过程中结合 AI 辅助生成、改写或补充 得到的原型脚本。

项目特点

  • 以 Matlantis / ASE 生态为核心的测试与验证脚本集合
  • 包含 MD、NEB、Optuna 搜索、表面-分子分析等不同主题
  • 既有命令行脚本，也有 Notebook 形式的交互式实验记录
  • 更偏向研究过程中的原型开发与思路验证，而不是严格产品化的工程项目

目录概览

根目录脚本

  • md.py / MD1.py / MD2.py / MD_loop_full.py
    • 与分子动力学模拟相关的测试脚本
  • NEB.py
    • 与 NEB / 反应路径搜索相关的实验脚本
  • optuna+md.py / optuna2.py
    • 与参数搜索、结构筛选或优化实验相关
  • run_md_best_trials.py
    • 对已筛选结构批量执行 MD 的脚本
  • care_test.py / after_train.py / 2.py
    • 一些独立测试或辅助实验脚本

Notebook

  • ketone.ipynb
  • Neb_test.ipynb
  • Neb_test (1).ipynb
  • Neb_test_results_2025-06-26_143727.ipynb
  • test_ads.ipynb
  • test_ads (1).ipynb
  • test_MD.ipynb
  • test_optuna_first.ipynb

这些 Notebook 主要用于：

  • 快速验证思路
  • 可视化结构与结果
  • 记录某次实验流程或中间结果

子目录

  • optuna+MD/
    • 包含 MD、Optuna、氧化分析、碳原子优化等相关脚本与说明文档
  • surface_test_ai/
    • 面向表面+分子体系分析的一组模块化脚本，带有较明显的 AI 辅助开发痕迹
  • Straightchain_VOC/
    • 针对直链 VOC 或类似分子体系的搜索与优化实验脚本

主要技术栈

本仓库中的脚本主要围绕以下工具或库展开：

  • Python
  • Jupyter Notebook
  • ASE
  • Matlantis 相关计算接口
  • Optuna
  • NumPy / Pandas / Matplotlib

部分脚本中还出现了这些依赖：

  • pfp-api-client
  • fairchem
  • torch
  • torch_dftd
  • sella
  • nglview

由于不同脚本来自不同阶段的实验，依赖并不完全统一，实际使用前建议先查看目标脚本顶部的 import。

使用说明

1. 环境准备

建议使用独立 Python 环境，例如 Conda 或 venv。

常见基础依赖示例：

pip install ase numpy pandas matplotlib jupyter optuna

如果要运行依赖 Matlantis / PFP / FairChem 的脚本，还需要根据对应脚本补充安装相关包，并完成必要的账号、API 或模型环境配置。

2. 运行 Python 脚本

例如：

python md.py --help
python NEB.py
python run_md_best_trials.py

注意：

  • 并不是所有脚本都做了完整的命令行封装
  • 有些脚本需要提前准备结构文件、模型或输出目录
  • 有些脚本是研究阶段原型，运行前建议先阅读源码

3. 运行 Notebook

jupyter notebook

然后打开对应的 .ipynb 文件逐步执行。

适用场景

这个仓库适合用于：

  • 快速测试 Matlantis/ASE 在特定体系上的可行性
  • 验证 MD、NEB、结构优化和反应路径分析思路
  • 保存研究过程中的脚本原型和 Notebook 记录
  • 作为后续整理正式项目时的实验素材库

说明

  • 这是一个实验性质较强的仓库，脚本风格和完成度可能不完全一致
  • 部分代码是为了快速验证想法而编写，可能需要根据具体课题进一步整理
  • 部分脚本包含 AI 辅助生成或修改的内容，使用前建议结合实际计算需求进行检查

后续可整理方向

如果后续要把这个仓库进一步规范化，可以优先考虑：

  • 统一依赖管理（如 requirements.txt 或 environment.yml）
  • 补充每类脚本的输入输出说明
  • 将重复逻辑抽离为公共模块
  • 对 Notebook 和正式脚本做分层整理
  • 增加示例数据与最小可运行案例

License

当前仓库未单独声明许可证。如需公开发布或对外共享，建议补充明确的 License 文件。