Skip to content

Commit c734cd6

Browse files
committed
feat: add
1 parent d0b5566 commit c734cd6

2 files changed

Lines changed: 16 additions & 0 deletions

File tree

website/workflow/multiomics-diablo/multiomics-diablo.qmd

Lines changed: 7 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -24,6 +24,13 @@ I --> J[External validation]
2424

2525
`DIABLO(Data Integration Analysis for Biomarker discovery using Latent variable approaches for Omics studies)` 是 mixOmics 套件提供的一種`監督式多體學整合方法`。其核心基於 `block sparse Partial Least Squares Discriminant Analysis (block sPLS-DA)`,透過建立 `latent components`,同時最大化不同 omics 資料之間的相關性與 phenotype 的分類能力。DIABLO 也會透過稀疏特徵選擇(sparse feature selection),挑選少量但具有代表性的分子特徵,以建立可解釋的多體學 biomarker signature。
2626

27+
::: {.callout-important}
28+
| 方法 | 解決問題 | 整合什麼 |
29+
| ---------- | ----------------------- | ----------- |
30+
| **MINT** | multi-study integration | 不同研究資料 |
31+
| **DIABLO** | multi-omics integration | 不同 omics 資料 |
32+
:::
33+
2734
::: {.callout-tip collapse="true"}
2835
## latent component 是什麼?
2936

website/workflow/multiomics-mint/multiomics-mint.qmd

Lines changed: 9 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -25,6 +25,15 @@ H --> I[External validation]
2525

2626
MINT 的核心概念是在模型中加入 `study factor`(研究來源),讓模型在建立分類與特徵選擇時,同時考慮不同研究之間的變異,並找出在多個研究中都具有一致判別能力的特徵。在分類分析中,`MINT` 常與 `sPLS-DA` 結合形成 `MINT sPLS-DA`,同時進行監督式分類與特徵選擇,並建立具有跨研究泛化能力的預測模型。
2727

28+
::: {.callout-important}
29+
## DIABLO vs. MINT
30+
31+
| 方法 | 解決問題 | 整合什麼 |
32+
| ---------- | ----------------------- | ----------- |
33+
| **MINT** | multi-study integration | 不同研究資料 |
34+
| **DIABLO** | multi-omics integration | 不同 omics 資料 |
35+
:::
36+
2837
::: {.callout-tip collapse="true"}
2938
## PLS、PLS-DA 與 sPLS 的關係?
3039

0 commit comments

Comments
 (0)