add a blog

Author: shenwei356

config/_default/menus.cn.toml

@@ -11,11 +11,6 @@ name = "介绍"
 url = "/about"
 weight = 2
 
-# [[main]]
-# name = "新闻"
-# url = "/news"
-# weight = 3
-
 [[main]]
 name = "团队成员"
 url = "/team"
@@ -41,6 +36,11 @@ name = "联系我们"
 url = "/contact"
 weight = 8
 
+[[main]]
+name = "博客"
+url = "/blog"
+weight = 9
+
 # footer menu
 [[footer]]
 name = "重庆医科大学"

config/_default/menus.en.toml

@@ -11,11 +11,6 @@ name = "About"
 url = "/about"
 weight = 2
 
-# [[main]]
-# name = "News"
-# url = "/news"
-# weight = 3
-
 [[main]]
 name = "Team"
 url = "/team"

config/_default/params.toml

@@ -18,7 +18,7 @@ navbar_fixed = true
 theme_switcher = false
 theme_default = "system" # available options [light/dark/system]
 # Main Sections
-mainSections = ["news"]
+mainSections = ["blog"]
 # contact form action
 contact_form_action = "#" # contact form works with [https://airform.io/] or [https://formspree.io]
 # google tag manager, see https://developers.google.com/tag-manager/
@@ -27,7 +27,7 @@ google_adsense = ""     # example: ca-pub-xxxxxxxxxxxxxxxx
 # custom script on header, example: custom_script= "<script>console.log(\"Hello World\")</script>"
 custom_script = ""
 # copyright
-copyright = "@2025 Wei Shen"
+copyright = "@2025-2026 Wei Shen"
 
 # Preloader
 # preloader module: https://github.com/gethugothemes/hugo-modules/tree/master/components/preloader
@@ -46,7 +46,7 @@ link = "contact"
 [search]
 enable = false
 primary_color = "#121212"
-include_sections = ["news"]
+include_sections = ["blog"]
 show_image = true
 show_description = true
 show_tags = true

content/cn/blog/_index.md

@@ -0,0 +1,7 @@
+---
+title: "博客"
+meta_title: ""
+description: "blog, 博客, 随笔, 新闻"
+---
+
+

content/cn/blog/post-01.md

@@ -0,0 +1,54 @@
+---
+title: "如何学习和练习生物信息学算法，并提高编程能力"
+meta_title: ""
+description: "学习和练习生物信息学算法设计相关的经验"
+date: 2026-01-13T05:00:00Z
+categories: ["经验分享"]
+author: "Wei Shen"
+tags: ["经验", "算法", "数据结构"]
+draft: false
+---
+
+## 如何学习算法
+
+就像学习现有软件的使用方法一样，去官网看英文文档是最准确的方式。
+中文文档读起来更快，但往往不全面，或存在翻译问题。
+学习算法，最好的方式也是去读文献。
+不过，如果是比较基础和应用广泛的算法，看中英文介绍也可以。
+其实我看文献和长篇介绍也头大，所以有时候直接看代码，反而能更快地理解算法。
+
+如今，大家喜欢都看视频来学习，也是一种不错的方式。
+但是千万不要局限于中文视频，英文的高质量视频也很多的，多搜总有收获。
+比如油管上Ben Langmead (Bowtie2 作者)的系列视频，
+如 Algorithms for DNA Sequencing （其实我也没看，不过我看其内容挺广的），
+Burrows-Wheeler Indexing (我看了，但没看完）。
+
+最后就是，可以在Google Scholar上关注感兴趣的同行，获得特定领域的文献推送，长期关注自己感兴趣的方向，持续学习。
+
+## 如何提高编程能力
+
+首先，如果可以，请选择一门编译型语言，比如C/C++/Go/Rust。
+当然Python也是可以的，只是性能稍差（如果不用其他语言写底层代码的话）。
+
+接着，除了掌握基础的语法、标准库、常见数据结构之外，最好的方式是通过重写经典数据结构和算法来练手。
+我重写过CountMinSketch、BWT和FM-index、Minimizer、FracMinHash、Kmers编辑码等，
+后来根据兴趣或需求从文献复现的有StrobeMers、LexicHash、WFA等。
+WFA是做LexicMap的中途，花了4周全身心投入实现的，后续断断续续做了一些优化。
+上述的包都在[Github](https://github.com/shenwei356?tab=repositories)开源了的，都能直接拿来用。
+
+重新发明轮子其实是个很好的锻炼机会。
+一是锻炼编程（算法、数据结构、性能优化）能力。甚至很多人看不上的、简单的FASTA/Q文件解析，我都迭代过很多版本，从中学到很多。
+二是启发新的方向，比如[LexicMap](https://bioinf.shenwei.me/LexicMap/)核心算法基于LexicHash，但是我们做了很多大的改进。
+而其中很多细节和灵感又源自于先前多个项目的积累，包括SeqKit、kmers、unikmer、TaxonKit、KMCP等。
+
+我为什么要发明那么多轮子？
+因为Go语言缺少很多生物信息学的库；为了保证跨平台编译，又不想使用其他语言的库，所以只能自己写。
+渐渐的，时间长了，自己也得到了锻炼。
+如果大家使用的语言有现成的优秀的库，直接用就可以了。不过，原创的算法还是得自己写。
+
+至于如何进一步提高编程能力呢，这里推荐一本书，《深入理解计算机系统》，我每读一次都能获得一些性能改进的灵感。
+另外，可以结合一些性能分析软件，比如go的pprof工具，就能更快地优化软件性能。
+不过有时候，还需要更复杂的技术，比如SIMD。
+Go语言不支持SIMD指令，但支持Go汇编语言，我还为此花了几周时间从头学汇编语言，来优化一个[函数](https://github.com/shenwei356/pand)。
+
+最后，一切都要源于兴趣，喜欢并投入大量的精力学习和练习，一定有收获。念念不忘（甚至游戏、洗澡、跑步的时候），必有回响。

content/cn/news/_index.md

@@ -30,7 +30,7 @@ draft: false
   - **生物信息学/数学/物理/计算机等专业**，或有较强的算法设计/数学分析/软件开发能力。
   - **有编程经验**，会使用一门编程语言（如Python, C/C++/Go/Rust）解决问题，最好是编译语言。
   - **有独立完整的科研项目经验**，发表专业相关SCI论著或已有公开的preprint。
-  - **较强英语水平**，CET6及以上。
+  - **较强英语水平**，CET6及以上（招生简章要求）。
 
 
 ##### 2. 硕士研究生

content/cn/news/post-2.md

@@ -0,0 +1,21 @@
+1. 关于算法学习
+
+就像学习现有软件的使用方法一样，去官网看英语文档是最准确的方式。中文文档读起来更快，但往往不全面，或存在翻译问题。学习算法，最好也是去读文献。如果是比较基础和应用广泛的算法，看中英文介绍也可以。其实我看文献和长篇介绍也头大，所以有时候直接看代码，或许能更快的理解算法。
+
+现在，大家喜欢看视频来学习，也可以理解。但是千万不要局限于中文视频，英文的高质量视频也很多的，多搜总有收获。比如油管上 Ben Langmead (Bowtie2作者) 的系列视频，如 Algorithms for DNA Sequencing （其实我也没看，不过我看内容挺广的）， Burrows-Wheeler Indexing (我看了，但没看完）。
+
+最后就是，可以在Google Scholar上关注感兴趣的同行，获得特定领域的文献推送，长期关注自己感兴趣的方向，持续学习。
+
+2. 关于编程能力的提高
+
+首先，如果可以，请选择一门编译型语言，比如C/C++/Go/Rust。当然Python也是可以的，只是性能稍差（如果不用其他语言写底层代码的话）。
+
+接着，除了掌握基础的语法、标准库、常见数据结构之外，最好的方式是通过重写经典数据结构和算法来练手。我重写过CountMinSketch、BWT和FM-index、Minimizer、FracMinHash、Kmers编辑码等，后面根据兴趣从文献复现的有StrobeMers、LexicHash、WFA等。
+
+重新发明轮子其实是很好的锻炼机会。一是锻炼编程（算法、数据结构、性能优化）能力。甚至很多人看不上的、简单的FASTA/Q文件解析，我都迭代过很多版本，从中学到很多。二是启发新的方向，比如LexicMap核心算法是LexicHash，但是我做了很多大的改进，其中很多细节和灵感又源自于先前多个项目的积累：kmers、unikmer、TaxonKit、KMCP等。所以LexicMap从零开始到投稿NBT和送审，一年时间都不到（当然也有其他因素，比如这个研究的方向在确定后目标非常明确）。
+
+题外话：我为什么要发明那么多轮子？因为Go语言缺少很多库，只能自己写，无意中锻炼了自己～。如果大家的语言有现成的优秀的库，直接用就可以了，不过原创的算法还是得自己写。
+
+推荐一本书：《深入理解计算机系统》，我每读一次都能获得一些性能改进的灵感。
+
+最后，一切都要源于兴趣，喜欢并投入大量的精力学习和练习，一定有收获。念念不忘（甚至游戏、洗澡、跑步的时候），必有回响。

content/cn/pages/join.md

@@ -12,4 +12,5 @@ draft: false
 
 #### Positions
 
-1. Master students, [details in Chinese](/cn/join).
+1. PhD students, [details in Chinese](/cn/join).
+2. Master students, [details in Chinese](/cn/join).