难度: ⭐⭐ 中级
宏基因组测序（鸟枪法测序）是对环境样本中所有微生物的总 DNA 进行测序，不依赖 PCR 扩增，可获得物种组成和功能基因信息。
| 特征 | 16S 测序 | 宏基因组测序 |
|---|---|---|
| 目标区域 | 16S rRNA 基因 | 全基因组 |
| 物种分辨率 | 属/种水平 | 种/菌株水平 |
| 功能信息 | 无 | 有（基因、通路） |
| 成本 | 低 | 高 |
| 数据量 | 1-5M reads | 20-100M reads |
质控 → 组装 → 物种分析 → 功能分析 → 统计
- MEGAHIT - 宏基因组组装
- MetaPhlAn 4 - 物种分析
- HUMAnN 3 - 功能分析