Interpretations are ignored when loading config files

Author: untergasser

src/amplicontm.c

@@ -159,7 +159,7 @@ amplicon_result amplicontm(const  char *inseq,
     int orilen = strlen(inseq);
     int gc_count = 0;
     ret.seq = (char *) malloc(sizeof(char) * (orilen + 1));
-    if ((ret.seq == NULL)) {
+    if (ret.seq == NULL) {
         ret.error = 1;
         amp_free_all(alloc_box, alloc_count);
         return ret;

src/primer3_config/dangle.dh

@@ -1,128 +1,136 @@
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--5100
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-600
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--6900
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-0
-0
+# Enthalpy of dangling end
+# 3' dangling
+
+# Values are read by order, the basepares are ignored and only present for your orientation
+
+AA_A 0
+AC_A 0
+AG_A 0
+AT_A 0
+AA_C 0
+AC_C 0
+AG_C 0
+AT_C 0
+AA_G 0
+AC_G 0
+AG_G 0
+AT_G 0
+AA_T -500
+AC_T 4700
+AG_T -4100
+AT_T -3800
+CA_A 0
+CC_A 0
+CG_A 0
+CT_A 0
+CA_C 0
+CC_C 0
+CG_C 0
+CT_C 0
+CA_G -5900
+CC_G -2600
+CG_G -3200
+CT_G -5200
+CA_T 0
+CC_T 0
+CG_T 0
+CT_T 0
+GA_A 0
+GC_A 0
+GG_A 0
+GT_A 0
+GA_C -2100
+GC_C -200
+GG_C -3900
+GT_C -4400
+GA_G 0
+GC_G 0
+GG_G 0
+GT_G 0
+GA_T 0
+GC_T 0
+GG_T 0
+GT_T 0
+TA_A -700
+TC_A 4400
+TG_A -1600
+TT_A 2900
+TA_C 0
+TC_C 0
+TG_C 0
+TT_C 0
+TA_G 0
+TC_G 0
+TG_G 0
+TT_G 0
+TA_T 0
+TC_T 0
+TG_T 0
+TT_T 0
+
+# 5' dangling
+
+A_AA 0
+A_AC 0
+A_AG 0
+A_AT 0
+A_CA 0
+A_CC 0
+A_CG 0
+A_CT 0
+A_GA 0
+A_GC 0
+A_GG 0
+A_GT 0
+A_TA -2900
+A_TC -4100
+A_TG -4200
+A_TT -200
+C_AA 0
+C_AC 0
+C_AG 0
+C_AT 0
+C_CA 0
+C_CC 0
+C_CG 0
+C_CT 0
+C_GA -3700
+C_GC -4000
+C_GG -3900
+C_GT -4900
+C_TA 0
+C_TC 0
+C_TG 0
+C_TT 0
+G_AA 0
+G_AC 0
+G_AG 0
+G_AT 0
+G_CA -6300
+G_CC -4400
+G_CG -5100
+G_CT -4000
+G_GA 0
+G_GC 0
+G_GG 0
+G_GT 0
+G_TA 0
+G_TC 0
+G_TG 0
+G_TT 0
+T_AA 200
+T_AC 600
+T_AG -1100
+T_AT -6900
+T_CA 0
+T_CC 0
+T_CG 0
+T_CT 0
+T_GA 0
+T_GC 0
+T_GG 0
+T_GT 0
+T_TA 0
+T_TC 0
+T_TG 0
+T_TT 0