Skip to content

Commit 1bf8209

Browse files
IanSudberyIanSudbery
committed
Added cram handling tests for dedup
1 parent 9471aef commit 1bf8209

7 files changed

Lines changed: 214 additions & 0 deletions

File tree

‎tests/chr19_1mb.bam‎

101 KB
Binary file not shown.

‎tests/chr19_1mb.bam.bai‎

712 Bytes
Binary file not shown.

‎tests/chr19_1mb.cram‎

95.9 KB
Binary file not shown.

‎tests/chr19_1mb.cram.crai‎

65 Bytes
Binary file not shown.

‎tests/chr19_1mb.dedup.cram‎

3.03 KB
Binary file not shown.

‎tests/chr19_1mb.dedup.sam‎

Lines changed: 197 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,197 @@
1+
@HD VN:1.6 SO:coordinate
2+
@SQ SN:chr19 LN:1000001 M5:7f938cfd766ac30171140eba3b9ead0e UR:https://github.com/CGATOxford/UMI-tools/raw/refs/heads/master/tests/chr19_1mb.fa
3+
SRR2057595.10806878_ATTTC 16 chr19 78295 255 33M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:1T31 NM:i:1
4+
SRR2057595.12158729_TTTTC 16 chr19 78296 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:0T44A21 NM:i:2
5+
SRR2057595.4813155_AGGAT 16 chr19 78296 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:0T44A21 NM:i:2
6+
SRR2057595.11603314_TACGG 16 chr19 78296 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:1T43A21 NM:i:2
7+
SRR2057595.13255323_GTCGA 16 chr19 78298 255 22M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:1C20 NM:i:1
8+
SRR2057595.11891309_TAACC 16 chr19 78298 255 23M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:4C18 NM:i:1
9+
SRR2057595.12261872_GGGCC 16 chr19 78298 255 23M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:7A15 NM:i:1
10+
SRR2057595.4427468_GTACC 16 chr19 78298 255 27M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:14G12 NM:i:1
11+
SRR2057595.12503800_GAGCG 16 chr19 78298 255 27M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:18C8 NM:i:1
12+
SRR2057595.9820583_TGACC 16 chr19 78298 255 27M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:1C25 NM:i:1
13+
SRR2057595.1807627_GCCTT 16 chr19 78298 255 27M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:26T0 NM:i:1
14+
SRR2057595.6589623_GGACC 16 chr19 78298 255 28M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:18C9 NM:i:1
15+
SRR2057595.11515153_AGTAC 16 chr19 78298 255 28M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:23C4 NM:i:1
16+
SRR2057595.8450484_TACCG 16 chr19 78298 255 28M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:9A18 NM:i:1
17+
SRR2057595.7850359_GGCCG 16 chr19 78298 255 28M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:9A18 NM:i:1
18+
SRR2057595.11852520_TGTCA 16 chr19 78298 255 28M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:14G13 NM:i:1
19+
SRR2057595.12623318_CACCA 16 chr19 78298 255 28M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:3A24 NM:i:1
20+
SRR2057595.13615228_AATCT 16 chr19 78298 255 28M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:3A24 NM:i:1
21+
SRR2057595.10716527_GCCTT 16 chr19 78298 255 29M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:7A21 NM:i:1
22+
SRR2057595.12716417_GATCA 16 chr19 78298 255 29M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:3A25 NM:i:1
23+
SRR2057595.10268409_ACTCA 16 chr19 78298 255 29M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:3A25 NM:i:1
24+
SRR2057595.4771536_TGTGT 16 chr19 78298 255 29M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:3A25 NM:i:1
25+
SRR2057595.9247861_GGCTC 16 chr19 78298 255 30M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:7A22 NM:i:1
26+
SRR2057595.1158405_CTGAC 16 chr19 78298 255 30M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:3A26 NM:i:1
27+
SRR2057595.3433382_GGACC 16 chr19 78298 255 30M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:6C23 NM:i:1
28+
SRR2057595.4301337_GTATC 16 chr19 78298 255 30M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:9A20 NM:i:1
29+
SRR2057595.6273399_GACTT 16 chr19 78298 255 30M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:29C0 NM:i:1
30+
SRR2057595.12500073_GTTGT 16 chr19 78298 255 30M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:3A26 NM:i:1
31+
SRR2057595.13217486_GGGAA 16 chr19 78298 255 30M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:3A4G21 NM:i:2
32+
SRR2057595.5752953_TGAAG 16 chr19 78298 255 31M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:17C13 NM:i:1
33+
SRR2057595.8609958_CGAAC 16 chr19 78298 255 31M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:8G22 NM:i:1
34+
SRR2057595.9216535_GTAGC 16 chr19 78298 255 32M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:31C0 NM:i:1
35+
SRR2057595.4938594_GCGTC 16 chr19 78298 255 32M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:31C0 NM:i:1
36+
SRR2057595.1482713_CGAGC 16 chr19 78298 255 32M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:1C30 NM:i:1
37+
SRR2057595.6270342_GCTTT 16 chr19 78298 255 35M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:28A6 NM:i:1
38+
SRR2057595.9452803_GTGGC 16 chr19 78298 255 36M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:36 NM:i:0
39+
SRR2057595.4116943_ACGGC 16 chr19 78298 255 36M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:36 NM:i:0
40+
SRR2057595.7183987_GAGAC 16 chr19 78298 255 36M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:36 NM:i:0
41+
SRR2057595.12439183_AACAG 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
42+
SRR2057595.4322192_ATAAA 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
43+
SRR2057595.4417205_GGTAG 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
44+
SRR2057595.2226357_CGAAA 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
45+
SRR2057595.8044865_ATGAA 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
46+
SRR2057595.4552137_GTGTT 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
47+
SRR2057595.3397594_CCTTT 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
48+
SRR2057595.10217233_TCTTC 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
49+
SRR2057595.13243691_GGATA 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
50+
SRR2057595.820706_CCGGT 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
51+
SRR2057595.5776583_CAGAT 16 chr19 78298 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
52+
SRR2057595.11230188_CCCCG 16 chr19 78298 255 38M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:32T5 NM:i:1
53+
SRR2057595.8391309_TCAAA 16 chr19 78298 255 38M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:38 NM:i:0
54+
SRR2057595.11811953_ACGAC 16 chr19 78298 255 38M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:38 NM:i:0
55+
SRR2057595.2204432_GCGAA 16 chr19 78298 255 38M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:38 NM:i:0
56+
SRR2057595.11194596_TTCTC 16 chr19 78298 255 38M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:1C36 NM:i:1
57+
SRR2057595.11893475_TCTGG 16 chr19 78298 255 38M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:38 NM:i:0
58+
SRR2057595.6286198_TCGTA 16 chr19 78298 255 38M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:38 NM:i:0
59+
SRR2057595.12845707_GCGGT 16 chr19 78298 255 38M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:38 NM:i:0
60+
SRR2057595.2595686_AGCCG 16 chr19 78298 255 39M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:39 NM:i:0
61+
SRR2057595.10512231_TGCAC 16 chr19 78298 255 40M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:28A11 NM:i:1
62+
SRR2057595.1972404_TCACA 16 chr19 78298 255 42M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:42 NM:i:0
63+
SRR2057595.1549633_TTGCC 16 chr19 78298 255 44M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A0 NM:i:1
64+
SRR2057595.2897405_CTTTC 16 chr19 78298 255 45M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A1 NM:i:1
65+
SRR2057595.10669405_AAAGT 16 chr19 78298 255 45M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A1 NM:i:1
66+
SRR2057595.10878291_ATCAC 16 chr19 78298 255 46M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A2 NM:i:2
67+
SRR2057595.12198919_CGGAC 16 chr19 78298 255 47M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A3 NM:i:1
68+
SRR2057595.12553742_GCGGA 16 chr19 78298 255 48M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A4 NM:i:1
69+
SRR2057595.5483706_CAGAT 16 chr19 78298 255 48M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A4 NM:i:1
70+
SRR2057595.9699090_AAGTT 16 chr19 78298 255 48M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A4 NM:i:2
71+
SRR2057595.9057711_TTATA 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A5 NM:i:2
72+
SRR2057595.1581539_TCAGC 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A5 NM:i:1
73+
SRR2057595.9636272_CCTTG 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A5 NM:i:1
74+
SRR2057595.11559107_CAACT 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A5 NM:i:2
75+
SRR2057595.2028481_GCGGA 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A5 NM:i:2
76+
SRR2057595.12415269_ACAAA 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A5 NM:i:1
77+
SRR2057595.5032220_TACAG 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A5 NM:i:1
78+
SRR2057595.2812199_CATGA 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A5 NM:i:2
79+
SRR2057595.12286012_ATGAT 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A5 NM:i:2
80+
SRR2057595.4318931_TCGAT 16 chr19 78298 255 49M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A5 NM:i:1
81+
SRR2057595.13101280_TAACA 16 chr19 78298 255 50M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A6 NM:i:2
82+
SRR2057595.6965512_GATCA 16 chr19 78298 255 50M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A6 NM:i:2
83+
SRR2057595.3043348_GAGAG 16 chr19 78298 255 50M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A6 NM:i:1
84+
SRR2057595.8308354_TCTCA 16 chr19 78298 255 50M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A6 NM:i:1
85+
SRR2057595.2737499_CCAAG 16 chr19 78298 255 50M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A6 NM:i:2
86+
SRR2057595.6867606_CTCTA 16 chr19 78298 255 50M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A6 NM:i:1
87+
SRR2057595.6914250_ACGCG 16 chr19 78298 255 50M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A6 NM:i:1
88+
SRR2057595.11841950_AACGC 16 chr19 78298 255 51M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A7 NM:i:1
89+
SRR2057595.1070288_GTGTT 16 chr19 78298 255 52M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A8 NM:i:2
90+
SRR2057595.3375375_TTGCT 16 chr19 78298 255 52M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A8 NM:i:2
91+
SRR2057595.1955681_CTTTC 16 chr19 78298 255 53M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A9 NM:i:2
92+
SRR2057595.2266916_TTGCA 16 chr19 78298 255 53M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A9 NM:i:2
93+
SRR2057595.8790134_CTTAC 16 chr19 78298 255 54M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A10 NM:i:2
94+
SRR2057595.3981473_CAGAA 16 chr19 78298 255 56M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A12 NM:i:2
95+
SRR2057595.7054188_TCGAA 16 chr19 78298 255 56M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A12 NM:i:1
96+
SRR2057595.2721295_GTCAA 16 chr19 78298 255 57M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A13 NM:i:1
97+
SRR2057595.3199713_GCATA 16 chr19 78298 255 57M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A13 NM:i:2
98+
SRR2057595.7803643_GAGCA 16 chr19 78298 255 60M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A16 NM:i:2
99+
SRR2057595.12622282_GGATC 16 chr19 78298 255 61M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A17 NM:i:2
100+
SRR2057595.3318376_TAGCC 16 chr19 78298 255 61M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A17 NM:i:1
101+
SRR2057595.3328017_CTAGC 16 chr19 78298 255 62M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A18 NM:i:1
102+
SRR2057595.8085966_CCGAG 16 chr19 78298 255 63M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A19 NM:i:1
103+
SRR2057595.3441290_GCCGA 16 chr19 78298 255 64M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A20 NM:i:1
104+
SRR2057595.13533807_TCGCT 16 chr19 78298 255 64M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42G0A20 NM:i:2
105+
SRR2057595.2916030_ACCCT 16 chr19 78298 255 64M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:43A20 NM:i:1
106+
SRR2057595.11001785_CAGAG 16 chr19 78299 255 21M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:0C0C19 NM:i:2
107+
SRR2057595.12478774_ACAGA 16 chr19 78299 255 22M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:0C0C20 NM:i:2
108+
SRR2057595.13080756_CTGCC 16 chr19 78299 255 35M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:26C8 NM:i:1
109+
SRR2057595.10377635_AGCCG 16 chr19 78299 255 36M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:36 NM:i:0
110+
SRR2057595.7052123_TCTGC 16 chr19 78299 255 36M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:36 NM:i:0
111+
SRR2057595.11481316_AAGAT 16 chr19 78299 255 48M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:42A5 NM:i:1
112+
SRR2057595.11334233_AAACA 16 chr19 78299 255 49M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:42A6 NM:i:1
113+
SRR2057595.9058840_TGATT 16 chr19 78299 255 50M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:41G0A7 NM:i:2
114+
SRR2057595.11000417_CTAGA 16 chr19 78299 255 50M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:41G0A7 NM:i:2
115+
SRR2057595.305089_AAGGC 16 chr19 78299 255 56M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:42A13 NM:i:1
116+
SRR2057595.9140479_GCGGT 16 chr19 78299 255 58M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:42A15 NM:i:1
117+
SRR2057595.7809339_CGCCG 16 chr19 78299 255 59M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:42A16 NM:i:1
118+
SRR2057595.6687915_CAGTG 16 chr19 78299 255 59M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:41G0A16 NM:i:2
119+
SRR2057595.11194940_CGGTG 16 chr19 78300 255 48M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:40G0A6 NM:i:2
120+
SRR2057595.12588392_CCGAT 16 chr19 78300 255 49M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:40G0A7 NM:i:2
121+
SRR2057595.1371338_GCCTG 16 chr19 78301 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:40A21A4 NM:i:2
122+
SRR2057595.4134012_ACGTG 16 chr19 78302 255 66M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A4 NM:i:2
123+
SRR2057595.1050927_CTGCG 16 chr19 78302 255 66M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A4 NM:i:2
124+
SRR2057595.2344532_TAGTG 16 chr19 78302 255 66M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A4 NM:i:2
125+
SRR2057595.5278512_TTGGC 16 chr19 78302 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A5 NM:i:2
126+
SRR2057595.8022505_GCTCC 16 chr19 78302 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A5 NM:i:2
127+
SRR2057595.4036519_TTAGT 16 chr19 78302 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A5 NM:i:2
128+
SRR2057595.5807842_GACAT 16 chr19 78302 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A5 NM:i:2
129+
SRR2057595.9581893_GGGCT 16 chr19 78302 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A5 NM:i:2
130+
SRR2057595.5195204_GAAAC 16 chr19 78302 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A5 NM:i:2
131+
SRR2057595.10372582_AATAC 16 chr19 78302 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:39A21A5 NM:i:2
132+
SRR2057595.3684251_CATTT 16 chr19 78302 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:38G22A5 NM:i:2
133+
SRR2057595.4460250_AAAAT 16 chr19 78303 255 58M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:19T18A19 NM:i:2
134+
SRR2057595.11345030_ATGGT 16 chr19 78303 255 66M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:38A21A5 NM:i:2
135+
SRR2057595.7426712_AATCG 16 chr19 78303 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:38A21A6 NM:i:2
136+
SRR2057595.940388_CTGCG 16 chr19 78304 255 22M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:14T3T3 NM:i:2
137+
SRR2057595.5627181_ACGCC 16 chr19 78310 255 66M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:31A21A12 NM:i:2
138+
SRR2057595.7088002_GCGCT 16 chr19 78325 255 64M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:16A21A25 NM:i:2
139+
SRR2057595.11957120_GGTAT 16 chr19 78406 255 36M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:9G6T19 NM:i:2
140+
SRR2057595.3802859_AGTAA 16 chr19 78409 255 33M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:6G6T19 NM:i:2
141+
SRR2057595.2310264_GCCTT 16 chr19 78412 255 30M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:3G6T19 NM:i:2
142+
SRR2057595.3284641_GGGCA 16 chr19 78419 255 66M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:3T19A42 NM:i:2
143+
SRR2057595.7152677_TGGTC 16 chr19 78419 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:3T19A43 NM:i:2
144+
SRR2057595.11601211_TTTTG 16 chr19 78420 255 43M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:2T19A20 NM:i:2
145+
SRR2057595.2597503_ACGTA 16 chr19 78420 255 63M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:2T19A40 NM:i:2
146+
SRR2057595.6391411_AACTT 16 chr19 78420 255 64M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:2T19A41 NM:i:2
147+
SRR2057595.2636306_GTCTA 16 chr19 78420 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:2T19A44 NM:i:2
148+
SRR2057595.584592_AATAC 16 chr19 78420 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:2T19A44 NM:i:2
149+
SRR2057595.3450434_ACCTG 16 chr19 78420 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:2T19A44 NM:i:2
150+
SRR2057595.2644045_TGGAC 16 chr19 78420 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:2T19A44 NM:i:2
151+
SRR2057595.9502980_CAAAC 16 chr19 78421 255 32M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:1T19A10 NM:i:2
152+
SRR2057595.11511026_ATGCT 16 chr19 78421 255 65M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:1T19A43 NM:i:2
153+
SRR2057595.12094959_CCGGT 16 chr19 78421 255 65M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:1T19A43 NM:i:2
154+
SRR2057595.3029066_CACCG 16 chr19 78422 255 20M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:0T19 NM:i:1
155+
SRR2057595.2222210_GATTA 16 chr19 78422 255 57M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:0T19A36 NM:i:2
156+
SRR2057595.8859534_GGGCT 16 chr19 78422 255 64M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:0T19A43 NM:i:2
157+
SRR2057595.9939579_AGACT 16 chr19 78423 255 56M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:19A36 NM:i:1
158+
SRR2057595.7210788_AGTAA 16 chr19 78423 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:19A24T22 NM:i:2
159+
SRR2057595.3480936_TCTTG 16 chr19 78423 255 67M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:19A47 NM:i:1
160+
SRR2057595.3401470_CGAGC 16 chr19 78425 255 54M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:17A24T11 NM:i:2
161+
SRR2057595.12902787_GTGAA 16 chr19 78425 255 66M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:17A48 NM:i:1
162+
SRR2057595.12221400_TGTGA 16 chr19 78425 255 67M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:17A49 NM:i:1
163+
SRR2057595.8903688_CATTT 16 chr19 78427 255 50M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:15A34 NM:i:1
164+
SRR2057595.6586544_TGACG 16 chr19 78428 255 51M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:14A36 NM:i:1
165+
SRR2057595.8930094_TTCGC 16 chr19 78428 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:14A24T27 NM:i:2
166+
SRR2057595.12998004_CATGC 16 chr19 78430 255 46M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:12A33 NM:i:1
167+
SRR2057595.12837838_CGCAG 16 chr19 78430 255 49M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:12A24T11 NM:i:2
168+
SRR2057595.13239609_GGTAT 16 chr19 78430 255 50M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:12A36G0 NM:i:2
169+
SRR2057595.12996477_GATAC 16 chr19 78431 255 48M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:11A36 NM:i:1
170+
SRR2057595.7546268_TCGAG 16 chr19 78431 255 66M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:11A54 NM:i:1
171+
SRR2057595.5956134_GTCCA 16 chr19 78431 255 67M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:11A55 NM:i:1
172+
SRR2057595.381875_CGGTC 16 chr19 78433 255 29M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:9A19 NM:i:1
173+
SRR2057595.6831528_ATGTC 16 chr19 78433 255 66M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:9A56 NM:i:1
174+
SRR2057595.11552348_GATCT 16 chr19 78433 255 67M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:9A57 NM:i:1
175+
SRR2057595.11513813_GCGAT 16 chr19 78434 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:8A24T33 NM:i:2
176+
SRR2057595.5436928_GTGCG 16 chr19 78437 255 41M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:5A35 NM:i:1
177+
SRR2057595.13577605_CATCC 16 chr19 78437 255 42M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:5A36 NM:i:1
178+
SRR2057595.12462576_TTTGA 16 chr19 78441 255 46M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:1A24T19 NM:i:2
179+
SRR2057595.8412783_CTGCA 16 chr19 78446 255 66M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:66 NM:i:0
180+
SRR2057595.9121635_GGGCT 16 chr19 78446 255 66M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:66 NM:i:0
181+
SRR2057595.5724244_AAGTA 16 chr19 78446 255 66M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:10G55 NM:i:1
182+
SRR2057595.12169463_GCTAC 16 chr19 78446 255 67M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:67 NM:i:0
183+
SRR2057595.9443291_GGGGC 16 chr19 78446 255 67M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:66T0 NM:i:1
184+
SRR2057595.12546723_TCAGA 16 chr19 78446 255 67M * 0 0 * * XA:i:1 MD:Z:21T45 NM:i:1
185+
SRR2057595.1888813_TAAGT 16 chr19 78447 255 66M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:66 NM:i:0
186+
SRR2057595.7790483_CTCTC 16 chr19 78450 255 34M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:3A25G4 NM:i:2
187+
SRR2057595.3878122_ATCGG 0 chr19 379012 255 44M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:10C29C3 NM:i:2
188+
SRR2057595.8458115_TCGGC 0 chr19 379013 255 43M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:9C29C3 NM:i:2
189+
SRR2057595.10576070_ACAGC 0 chr19 641016 255 56M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:22C8T24 NM:i:2
190+
SRR2057595.8794751_ATTAT 0 chr19 755116 255 67M * 0 0 * * XA:i:2 MD:Z:42C11T12 NM:i:2
191+
SRR2057595.529570_TTAAA 16 chr19 785463 255 21M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:21 NM:i:0
192+
SRR2057595.9869626_TATGA 16 chr19 797429 255 49M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:49 NM:i:0
193+
SRR2057595.10742108_TACTC 16 chr19 800681 255 35M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:35 NM:i:0
194+
SRR2057595.3828380_GTGCG 16 chr19 801230 255 67M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:67 NM:i:0
195+
SRR2057595.2840390_AGCTG 16 chr19 806926 255 37M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:37 NM:i:0
196+
SRR2057595.11163793_AGCTG 16 chr19 806926 255 39M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:39 NM:i:0
197+
SRR2057595.9482708_TGGGT 16 chr19 917801 255 27M * 0 0 * * XA:i:0 MD:Z:27 NM:i:0

‎tests/tests.yaml‎

Lines changed: 17 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -214,6 +214,23 @@ dedup_single_dir:
214214
references: [single_dir_py3.sam]
215215
options: dedup -L test.log --out-sam --random-seed=123456789 --method=directional
216216

217+
dedup_from_cram:
218+
stdin: chr19_1mb.cram
219+
outputs: [stdout]
220+
references: [chr19_1mb.dedup.sam]
221+
options: dedup --out-sam --random-seed=123456789 -L test.log
222+
223+
dedup_to_cram:
224+
stdin: chr19_1mb.cram
225+
outputs: [stdout]
226+
references: [chr19_1mb.dedup.cram]
227+
options: dedup --random-seed=123456789 -L test.log --out-format=cram
228+
229+
dedup_bam_to_cram:
230+
stdin: chr19_1mb.bam
231+
outputs: [stdout]
232+
references: [chr19_1mb.dedup.cram]
233+
options: dedup --random-seed=123456789 -L test.log --out-format=cram --reference-file=https://github.com/CGATOxford/UMI-tools/raw/refs/heads/master/tests/chr19_1mb.fa
217234

218235
dedup_single_stats:
219236
stdin: chr19.bam

0 commit comments

Comments
 (0)