PRIM_MIN_ALVOS

Estruturação automatizada dos alvos de conservação presentes no Plano de Redução de Impactos da Mineração sobre a Biodiversidade e o Patrimônio Espeleológico - PRIM Mineração.

Este repositório contém um pipeline em R desenvolvido para extrair, padronizar e organizar os alvos de conservação (Fauna, Flora, Ambientes Singulares e Serviços Ecossistêmicos) a partir dos arquivos brutos disponíveis no Material Suplementar do PRIM Mineração, transformando o conteúdo textual em uma base de dados estruturada.

O objetivo é permitir análise, revisão técnica e integração com outras bases utilizadas nas análises da COESP/CGCON/ICMBio e possíveis interessados no uso dos dados.

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Contexto

Nos arquivos originais, os alvos de conservação aparecem como blocos de texto associados a cada Unidade de Planejamento (UP).

Esses blocos possuem características que podem dificultar análise direta:

• texto contínuo
• separadores inconsistentes
• pequenas variações de grafia

Este projeto resolve esse problema criando um pipeline reprodutível que transforma os dados em uma base tabular limpa.

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Estrutura do pipeline

O fluxo de processamento ocorre em cinco etapas principais:

1. Parse dos blocos brutos

   Função: parse_alvos_brutos()

   • lê o arquivo de entrada em formato *.csv gerado a partir do material suplementar
   • identifica os blocos de texto associados a cada Unidade de Planejamento (UP)
   • produz uma tabela inicial contendo:

   UP | texto

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2. Extração dos componentes

   Função: extrai_componentes()

   • identifica e separa os blocos:

     • Fauna
     • Flora
     • Ambientes Singulares
     • Serviços Ecossistêmicos

   • produz uma tabela com colunas estruturais:

   UP | Fauna | Flora | Ambientes | Servicos

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3. Explosão dos alvos

   Função: explode_alvos()

   • transforma os componentes em formato long (transposto)
   • separa alvos individuais
   • remove separadores e ruído textual

   Resultado:

   UP | COMPONENTE | ALVO

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4. Normalização

   Função: normaliza_alvos()

   • limpeza estrutural final
   • aplicação opcional de tabela de correções de grafia

   Arquivo de referência:

   data_reference/correcoes_padrao.csv

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5. Pipeline por bacia

   Função: processa_bacia()

   Executa todas as etapas anteriores e adiciona a coluna:

   BACIA

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Estrutura do repositório

PRIM_MIN_ALVOS
│
├── .gitgnore
├── PRIM_MIN_ALVOS.Rproj
├── README.md
├── processamento_alvos.Rmd
├── processamento_alvos.html
│
├── R
│   ├── 01_parse_alvos.R
│   ├── 02_transforma_long.R
│   ├── 03_normalizacao.R
│   ├── 04_pipeline_bacia.R
│   └── run_pipeline.R
│
├── data_raw
│   ├── MIN_BH_3_4.csv
│   ├── MIN_BH_5_6.csv
│   ├── MIN_BH_7.csv
│   └── MIN_BH_8.csv
│
├── data_reference
│   └── correcoes_padrao.csv
│
└── data_output
    ├── alvos_processados_BH_3_4.csv
    ├── alvos_processados_BH_5_6.csv
    ├── alvos_processados_BH_7.csv
    └── alvos_processados_BH_8.csv

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Disponibilidade dos arquivos de dados

Os arquivos .csv utilizados como entrada no processamento não estão incluídos neste repositório.

Isso ocorre principalmente por dois motivos:

Tamanho dos arquivos – os arquivos originais possuem grande volume de dados, o que ultrapassa ou se aproxima dos limites recomendados para versionamento em repositórios Git.

Boas práticas de versionamento – repositórios de código devem priorizar scripts, funções e documentação, evitando incluir grandes bases de dados que podem dificultar o clone, aumentar o histórico do repositório e comprometer a performance do Git.

Assim, este repositório contém apenas o código necessário para processar os dados, assumindo que os arquivos de entrada estejam disponíveis localmente no diretório:

data_raw/

Pesquisadores ou equipes que necessitem acessar os arquivos de dados utilizados neste pipeline podem solicitá-los diretamente à Coordenação de Análises Geoespaciais para Conservação de Espécies (COESP/ICMBio).

Após obter os arquivos, basta colocá-los nos respectivos diretórios para que o pipeline possa ser executado normalmente.

Execução

Execução (script principal):

R/run_pipeline.R

O script principal percorre automaticamente todos os arquivos *.csv separados por bacias na pasta data_raw.

Arquivos esperados:

MIN_BH_3_4.csv
MIN_BH_5_6.csv
MIN_BH_7.csv
MIN_BH_8.csv

Saída gerada:

data_output/alvos_processados_BH_3_4.csv
data_output/alvos_processados_BH_5_6.csv
data_output/alvos_processados_BH_7.csv
data_output/alvos_processados_BH_8.csv

Checagem geral:

Verificação e ajustes finos:

processamento_alvos_MIN.Rmd

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Estrutura da base final

Cada linha representa um alvo de conservação associado a uma UP.

Colunas:

UP COMPONENTE ALVO BACIA

Exemplo:

UP	ALVO	COMPONENTE	BACIA
101	Leopardus wiedii	Fauna	BH_3_4
101	Bertholletia excelsa	Flora	BH_3_4

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Dependências

Pacotes utilizados:

tidyverse
stringr
purrr
readr
glue

Instalação:

install.packages("tidyverse")
install.packages("glue")

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Objetivo

Criar uma base consistente de alvos de conservação para:

• revisão técnica
• análise espacial
• integração com dados geoespaciais
• suporte a análises do PRIM-MIN
• padronização metodológica interna

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Autoria

COESP/CGCON/DIBIO/ICMBio

Coordenação de Análises Geoespaciais para Conservação de Espécies - COESP

Coordenação Geral de Estratégias para Conservação - CGCON

Diretoria de Pesquisa, Avaliação e Monitoramento da Biodiversidade - DIBIO

Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade - ICMBio

coesp@icmbio.gov.br