R per proletari - Episodio 05

R per proletari è una serie di post su LinkedIn dedicata a chi vuole liberarsi dal giogo del lavoro manuale e automatizzare la produzione di report ripetitivi con la potenza collettiva di R, Quarto e Shiny.

In questo episodio 05, il proletariato può finalmente trasformare uno specifico formato di file Excel luridamente borghese in un dataset ordinato e pronti per l'analisi: nessuna cella fermerà la rivoluzione!

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Obiettivo

I dati con cui lavoro sono spesso generati da laboratori o fonti multiple, con:

• colonne duplicate o mancanti,
• date in formati diversi,
• valori sotto limite di quantificazione (“<LoQ”),
• limiti locali e nazionali mescolati.

Questa serie di funzioni permette di:

• Leggere e normalizzare tutte le informazioni dal foglio Excel.
• Gestire valori mancanti, sotto LoQ e sopra limite.
• Applicare controlli di base sui metadati (date, laboratori, punti di campionamento).
• Combinare automaticamente più fogli in un unico dataset.

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Struttura del progetto

R/
  |- get_clean_values.R  # Funzioni principali e sotto-funzioni modulari
  |- checks.R            # Controlli e validazioni opzionali
data/                    # File Excel di esempio
renv/                    # Informazioni per maggiore riproducibilità
utilizzo.R               # Esempio di utilizzo
README.md                # Questo file

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Funzioni principali

get_clean_values(path, sheet)

• Legge un singolo foglio Excel e restituisce un data.table normalizzato.
• Gestisce:
  • Sample ID
  • Punto di campionamento
  • Data di campionamento (numeri Excel o stringhe)
  • Nome laboratorio
  • Parametri e valori
  • Limiti nazionali/locali
  • Flag below_loq e above_limit
• Modularizzata in sotto-funzioni per leggibilità e manutenzione.

process_excel_file(file)

• Applica get_clean_values() a tutti i fogli di un file Excel.
• Restituisce un unico data.table combinato.
• Ideale per file multipli con dati simili ma separati per area o laboratorio.

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Requisiti

• R >= 4.2
• Tutti i pacchetti R sono gestiti tramite renv.

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Setup

1. Clonare il repository:

   git clone https://github.com/andreabz/r-proletari-05.git
   cd r-proletari-05

2. Ripristinare le dipendenze

   renv::restore()

3. Eseguire lo script utilizzo.R

Output

Una data.table con 60985 righe e 12 colonne.

Contatti e contributi

Il codice è libero come dev'essere la conoscenza: ogni compagno o compagna può leggerlo, copiarlo, migliorarlo o farne una propria versione.
Le pull request sono benvenute, purché portino avanti la causa della trasparenza e dell’efficienza proletaria.

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“La statistica al servizio del popolo, non del profitto.”