这个仓库包含了在超算集群(HPC)上使用 SLURM 作业调度系统和 Singularity 容器运行 ESMFold 进行蛋白质结构预测的脚本。
为了使脚本开箱即用,建议在集群的个人目录下保持如下结构:
esmfold-image/
├── esmfold-image-latest.sif # Singularity 镜像文件 (注意:由于体积过大,未上传至 GitHub)
├── predict-root-singularity.slurm # SLURM 提交脚本
├── README.md # 本说明文档
└── example/
├── input/
│ └── SWL.fasta # 你的输入 FASTA 序列
└── output/
└── SWL/ # 预测结果输出目录
#镜像获取:
# 进入仓库目录
cd esmfold-image
# 拉取最新的 ESMFold Singularity 镜像
singularity pull esmfold-image-latest.sif docker://biochunan/esmfold-image:root-devel